1.種業(yè)面臨“卡脖子”瓶頸制約。菌種是食用菌產(chǎn)業(yè)的命脈和核心競爭力。重慶市食用菌除羊肚菌因野生羊肚菌種質(zhì)資源豐富可自主馴化滿足生產(chǎn)用種需求以外，其余菌種均依靠外調(diào)，這是最大的短板，存在風(fēng)險較大。工廠化生產(chǎn)食用菌的菌種大部分依賴進口，再進行菌種擴繁；菌種在擴繁過程中受環(huán)境變化、雜菌和病毒侵染、超額度增加培養(yǎng)次數(shù)和面積等因素影響，易發(fā)生變異，導(dǎo)致出現(xiàn)品種退化、菌種老化、雜菌污染等問題，加之菌種擴繁技術(shù)不過關(guān)，造成菌種成本高，良種無法實現(xiàn)良繁。

2.技術(shù)支撐能力弱。重慶市食用菌科研基礎(chǔ)薄弱。重慶市從事食用菌研究的科研人員僅20余人，分布在重慶師范大學(xué)、重慶市農(nóng)業(yè)科學(xué)院等大專院校、科研院所，僅相當(dāng)于四川省食用菌研究所科研人員的三分之一。在科研人員中，既缺乏國家級的有影響力的專家，也缺乏一線的專業(yè)技術(shù)人員，無力支撐食用菌產(chǎn)業(yè)發(fā)展。在基礎(chǔ)研究方面，也僅停留在應(yīng)用層面。重慶市農(nóng)業(yè)農(nóng)村系統(tǒng)技術(shù)推廣單位嚴(yán)重缺乏食用菌專業(yè)技術(shù)人才，無力支撐食用菌產(chǎn)業(yè)技術(shù)指導(dǎo)工作。萬盛經(jīng)開區(qū)擬在全區(qū)8個鎮(zhèn)20個村布局食用菌產(chǎn)業(yè)（全區(qū)共56個村），將食用菌產(chǎn)業(yè)打造成為全區(qū)的特色主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)，但全區(qū)尚無一名食用菌專業(yè)技術(shù)人員。市場主體的專業(yè)技術(shù)人員也出現(xiàn)嚴(yán)重“斷層”現(xiàn)象，后繼乏人。

3.精深加工薄弱，帶動能力不強。重慶市100余家食用菌加工主體，大多為烘烤、包裝等初加工企業(yè)，自動化程度不高。從事以食用菌為原料的食品加工企業(yè)不僅數(shù)量少（重慶市僅2家），年收購食用菌原料僅1300余噸，且多來自四川、湖北等地，對食用菌產(chǎn)業(yè)發(fā)展的帶動能力十分有限。另一方面，重慶市羊肚菌和永川、萬盛、渝北等工廠化生產(chǎn)的食用菌產(chǎn)生大量菇根、次品菇，本可作為食品精深加工原料，提高附加值，但因缺乏加工企業(yè)，目前僅作為飼料原料或干脆作為廢棄物丟棄，造成資源浪費甚至污染環(huán)境。

4.聯(lián)農(nóng)帶農(nóng)益農(nóng)機制尚未形成，農(nóng)民參與度低。重慶市食用菌生產(chǎn)，絕大多數(shù)由市場主體負(fù)責(zé)種植、加工、銷售，未形成專業(yè)化分工格局和聯(lián)農(nóng)帶農(nóng)益農(nóng)機制，農(nóng)民參與度極低，一般僅能從食用菌產(chǎn)業(yè)發(fā)展中得到土地租金和務(wù)工收入，無法分享食用菌產(chǎn)業(yè)發(fā)展的成果和利益。年產(chǎn)金針菇5萬噸、實現(xiàn)年產(chǎn)值4.2億元的重慶華綠生物有限公司，因其自動化、智能化程度較高，當(dāng)?shù)剞r(nóng)民每年僅能從中分享務(wù)工工資收入1800萬元，僅占其產(chǎn)值的0.43%。黔江區(qū)2017年即出臺了食用菌獎勵政策，但由于發(fā)展產(chǎn)業(yè)需要一定的資金投入，且需要技術(shù)，獎勵政策也只吸引了部分業(yè)主，農(nóng)民仍未真正參與食用菌產(chǎn)業(yè)發(fā)展，分享到產(chǎn)業(yè)發(fā)展紅利。